В 1939 году начал учёбу в военном училище. За десять дней до начала Великой Отечественной войны на построении всем курсантам присвоили звание «лейтенант» и распределили по частям.

Алексей Самойленко со своей частью эшелоном из Новосибирска через всю страну прибыл на Западный фронт под Духовщиной (населённый пункт под Смоленском). Здесь вступили в бой, остановили немцев, выбили их из занимаемых позиций. Здесь был ранен и эвакуирован в госпиталь (ранение в голову). Потом служил в частях Западного фронта, а затем в частях Московского округа.

В 1944 году был откомандирован в спецотряд при четвёртом Украинском фронте. В составе отряда прошёл боевой путь от Румынии, Словакии, Чехии до Германии и Австрии. Войну закончил в городе Баден-Баден.

День Победы встретил в городе Штеренберг. Это была и тревожная и радостная весть: стреляли в воздух без остановки и радовались, потому что победили!

Награждён орденом Отечественной войны II степени, медалями «За боевые заслуги», «За оборону Москвы», «За Победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941 – 1945 гг.».

После демобилизации трудился на НЭВЗе.