В ряды Красной Армии был призван Сахновщинским РВК Харьковской обл.

Капитан Сергей Зубенко служил в артиллерии командиром батареи, заместителем командира артполка, начальником штаба артиллерийской дивизии.

За мужество и героизм, проявленные в боях с фашистскими захватчиками, награждён орденом Красной Звезды, орденом Красного Знамени, орденом Отечественной войны I и II степени, медалями «За боевые заслуги», «За оборону Ленинграда», «За Победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941 – 1945 гг.».

После войны трудился на НЭВЗе.