В ряды Красной Армии был призван Горловским РВК Сталинской обл. 10 сентября 1941 года.

Лейтенант Василий Гончаров служил в составе Юго-Западного фронта заряжающим, в составе Сталинградского фронта – миномётчиком, командиром расчёта 64-й армии, в составе Ленинградского фронта – командиром орудийного расчёта, Центральный фронт – командир миномётного взвода отдельной противотанковой артиллерийской бригады 380-й стрелковой дивизии.  В составе второго Дальневосточного фронта – начальник химической службы. Был ранен, контужен.

Награждён орденами Отечественной войны I и II степени, медалями «За боевые заслуги», «За оборону Ленинграда», «За оборону Сталинграда», «За Победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941 – 1945 гг.», «За Победу над Японией».